Ngày 11 tháng 01 năm 2021, Bộ Tài chính ban hành Thông Tư số 03/2021/TT-BTC về việc hướng dẫn về miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ quy định tại nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ về doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

Theo đó:

- Đối tượng áp dụng: Doanh nghiệp khoa học và công nghệ theo quy định tại Luật Khoa học và công nghệ và Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ về doanh nghiệp khoa học và công nghệ và các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan.

- Điều kiện áp dụng:

1. Được cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

2. Doanh thu hàng năm từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu hàng năm của doanh nghiệp.

3. Doanh thu được tạo ra từ dịch vụ có ứng dụng kết quả khoa học và công nghệ trong lĩnh vực công nghệ thông tin là doanh thu từ dịch vụ mới, không bao gồm các dịch vụ đã có trên thị trường.

4. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ trong kỳ để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Trường hợp doanh nghiệp không hạch toán riêng được thì thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện phân bổ theo quy định tại Khoản 2 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12.

Để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, doanh nghiệp khoa học và công nghệ phải thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và nộp thuế theo kê khai.

- Mức và thời gian ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp

a) Doanh nghiệp khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Khoản 1 Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ, cụ thể: được miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo.

b) Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ được tính liên tục kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ. Trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì năm đầu tiên tính thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

c)  Trong thời gian đang được ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, nếu năm nào doanh nghiệp khoa học và công nghệ không đáp ứng điều kiện về doanh thu của các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu năm của doanh nghiệp thì năm đó doanh nghiệp khoa học và công nghệ không được hưởng ưu đãi và được tính trừ vào thời gian được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp của doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

d)  Trường hợp doanh nghiệp khoa học và công nghệ đã có thu nhập chịu thuế nhưng thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế của năm đầu tiên dưới 12 (mười hai) tháng thì doanh nghiệp khoa học và công nghệ được lựa chọn hưởng miễn thuế, giảm thuế ngay trong năm đầu tiên đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu được miễn thuế, giảm thuế vào năm tiếp theo. Nếu doanh nghiệp đăng ký để miễn thuế, giảm thuế vào năm tiếp theo thì phải xác định số thuế phải nộp của năm đầu tiên đã có thu nhập chịu thuế để nộp vào Ngân sách Nhà nước theo quy định.

- Một số trường hợp áp dụng

a)  Trường hợp doanh nghiệp khoa học và công nghệ đã hoặc đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo điều kiện ưu đãi khác (ngoài điều kiện ưu đãi doanh nghiệp khoa học và công nghệ) mà được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo điều kiện doanh nghiệp khoa học và công nghệ được xác định bằng thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp áp dụng cho doanh nghiệp khoa học và công nghệ trừ đi thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đã hưởng theo điều kiện ưu đãi khác.

b)  Trường hợp doanh nghiệp khoa học và công nghệ đang hoạt động và đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo điều kiện doanh nghiệp khoa học và công nghệ được cơ quan có thẩm quyền bổ sung sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ vào Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ bổ sung được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp cùng với ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp của doanh nghiệp khoa học và công nghệ đang được hưởng cho thời gian còn lại.

Thông tư này có hiệu lực từ ngày 01 tháng 3 năm 2021.