Theo Quyết định 2404/QĐ-BTC ngày 27/9/2012 về chế độ kiểm tra hoàn thuế GTGT thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau, Bộ Tài chính hướng dẫn giải quyết hồ sơ hoàn thuế như sau:
Khi xác định có số thuế chưa đủ điều kiện hoàn hoặc còn thiếu thông tin, cơ quan Thuế phải có ngay văn bản đề nghị người nộp thuế giải trình, bổ sung theo quy định làm căn cứ xét hoàn thuế.
Trường hợp hết thời hạn theo thông báo mà người nộp thuế không giải trình hoặc đã giải trình (lần hai) nhưng không chứng minh được số thuế khai là đúng thì cơ quan Thuế chuyển ngay hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định.
Đối với số thuế đủ điều kiện được hoàn thì cơ quan Thuế giải quyết tạm hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn, không chờ kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ mới thực hiện hoàn thuế.
Quyết định này có hiệu lực kể từ ngày 11/11/2012.