Trường hợp Công ty có bán hàng cho nhân viên thì Công ty thực hiện lập hóa đơn theo hướng dẫn tại Điều 4 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung tại điểm a khoản 3 Điều 1 Nghị định số 70/2025/NĐ-CP). Về tên, địa chỉ, mã số thuế của người mua ghi trên hóa đơn, Công ty thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 10 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung tại khoản 7 Điều 1 Nghị định số 70/2025/NĐ-CP).

Căn cứ các quy định trên, trường hợp Công ty TNHH MTV Xi Măng Cần Thơ – Hậu Giang xuất hóa đơn GTGT bán hàng cho Công ty TNHH TM – DV Vật liệu Xây dựng Minh Phát có áp dụng hình thức chiết khấu thương mại thì thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 14 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP; điểm đ khoản 6 Điều 10 Nghị định 123/2020/NĐ-CP; khoản 13 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP.

Đối với hóa đơn chiết khấu thương mại theo số lượng, doanh số, được lập riêng hóa đơn. Đây là hóa đơn điều chỉnh cho các hóa đơn đã lập trước đó, dùng để điều chỉnh số tiền chênh lệch, không kê khai doanh số bán hàng đã phát sinh. Vì vậy, Hệ thống hóa đơn điện tử của Tổng cục Thuế (https://hoadondientu.gdt.gov.vn/) dòng “Tổng tiền chưa thuế” hiển thị số tiền chiết khấu thương mại, dòng “Tổng tiền chiết khấu thương mại” hiển thị là 0.

Trường hợp Công ty có hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán ủy quyền qua bên thứ ba bằng hình thức thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định tại Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ và đáp ứng đủ các điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định tại Khoản 2 Điều 14 Luật số 48/2024/QH15 ngày 26/11/2024 của Quốc hội và pháp luật liên quan hiện hành thì được khấu trừ thuế giá trị gia tăng.

Khi thực hiện tách Công ty, Công ty được tách kế thừa toàn bộ quyền, nghĩa vụ và lợi ích hợp pháp được phân chia theo nghị quyết, quyết định tách công ty. Trường hợp trước khi tách, Công ty bị tách phát sinh khoản chi phí lãi vay không được trừ được chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo theo quy định tại Điều 16 Nghị định số 132/2020/NĐ-CP, sau khi hoàn thành thủ tục tách, nếu nghị quyết, quyết định tách công ty phân chia chi phí lãi vay không được trừ và chưa được chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo cho Công ty được tách kế thừa thì Công ty được tách được chuyển chi phí lãi vay nêu trên sang kỳ tính thuế tiếp theo trong trường hợp tổng chi phí lãi vay phát sinh được trừ thấp hơn mức quy định tại điểm a khoản 3 Điều 16 Nghị định 132/2020/NĐ-CP. Thời gian được chuyển tiếp chính là thời gian còn lại của Công ty bị tách theo quy định tại điểm b khoản 3 Điều 16 cùng nghị định.

Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên mà đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, Công ty không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng.

Sau thời hạn thanh toán ghi trong hợp đồng, nếu Công ty mới có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì không được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào nữa.

Các công văn trên là căn cứ pháp lý mới nhất hướng dẫn doanh nghiệp trong việc lập hóa đơn, khấu trừ thuế và kế thừa nghĩa vụ thuế khi tái cấu trúc doanh nghiệp. Doanh nghiệp cần rà soát quy trình lập hóa đơn, chứng từ thanh toán và hạch toán chi phí để bảo đảm tuân thủ đúng quy định từ tháng 7/2025 trở đi.